สำนักคอมพิวเตอร์ได้กำหนดให้มีการควบคุมภายใน เพื่อให้การดำเนินงานและการใช้ทรัพยากรของหน่วยงานเป็นไปอย่างมีประสิทธิภาพ และเกิดประสิทธิผล  ระเบียบคณะกรรมการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการกำหนดมาตรฐานการควบคุมภายใน พ.ศ. 2544  โดยมีคณะกรรมการดำเนินงาน 2 ชุด ได้แก่ คณะกรรมการควบคุมภายในให้ถือเป็นชุดคณะกรรมการประจำหน่วยงาน และคณะกรรมการส่งเสริมการควบคุมภายใน

ประวัติความเป็นมา

ระบบ การควบคุมภายในสำนักคอมพิวเตอร์ได้จัดให้มีขึ้นตามที่กำหนดในระเบียบคณะ กรรมการตรวจเงินแผ่นดินว่าด้วยการกำหนดมาตรฐานการควบคุมภายใน พ.ศ. 2544 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อสร้างความมั่นใจอย่างสมเหตุสมผลว่าการดำเนินงานของ สำนักคอมพิวเตอร์จะบรรลุวัตถุประสงค์ของการควบคุมภายในด้านประสิทธิผล และประสิทธิภาพของการดำเนินงานและการใช้ทรัพยากร ซึ่งรวมถึงกาดูแลรักษาทรัพย์สิน การป้องกันหรือลดความผิดพลาด ความเสียหาย การรั่วไหล การสิ้นเปลือง หรือการทุจริต ด้านความเชื่อถือได้ของรายงานทางการเงินและการดำเนินงาน และด้านการปฏิบัติตามกฏหมายระเบียบ ข้อบังคับ มติคณะรัฐมนตรีและนโยบาย ซึ่งรวมถึงระเบียบปฏิบัติของฝ่ายบริหาร

แนวคิดของการสร้างความั่นใจอย่างสมเหตสมผลรวมถึงความ มั่นใจจะได้รับผลอย่างคุ้มค่าตามต้นทุนที่ใช้ โดยระบบการควบคุมภายในดังกล่าวได้ประมาณการและใช้ดุลยพินิจในการประเมิน ประโยชน์ที่จะได้รับจากการมีระบบการควบคุมภายในกับค่าใช้จ่ายของระบบฯ ทั้งนี้ค่าใช้จ่ายไม่ควรเกินประโยชน์ที่จะได้รับ ซึ่งรวมถึงการลดความเสี่ยงที่ทำให้หน่วยงานไม่บรรลุวัตถุประสงค์ที่กำหนด  นอกจากนี้อาจเกิดข้อผิดพลาดหรือความเสียหายและความผิดปกติที่ไม่อาจสืบทราบ ได้  เนื่องจากมีข้อจำกัดที่แฝงอยู่ในการควบคุมภายใน ซึ่งรวมถึงโอกาสของการหลีกเลี่ยง หรือละเลยการควบคุม รวมทั้งข้อจำกัดด้านทรัพยากรด้านกฏหมาย หรือเกี่ยวกับกฏระเบียบของทางราชการ อีกทั้งประสิทธิผลของการควคุมอาจเปลี่ยนแปลงไปตามเวลาเนื่องจากสถานการณ์และ สภาพแวดล้อมเปลี่ยนแปลงไป